终止子和终止密码子的区别是终止子是转录过程中能够终止RNA聚合酶转录的DNA序列。终止密码子是蛋白质翻译过程中终止肽链合成的信使核糖核酸(mRNA)的三联体碱基序列。终止子与终止密码子看起来似乎差不多，实际上却是两组截然不同的概念，根本就没有共同点。终止子是一段特殊的DNA序列，属于基因的非编码区，分别位于编码区的上游和下游，负责调控基因的转录。终止密码子是mRNA上的三联体碱基序列，分别决定翻译的起始和终止。
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